De historie van Beekman gaat terug tot 1937. In dat jaar startte
Marten Beekman, onder de naam M. Beekman & Zn. in Ugchelen met het vervoeren van hout uit de bossen naar verschillende houthandelaren in de buurt. Het vervoer geschiedde met paard en wagen. In 1952 kwam
Albert Beekman in de zaak en werd de dienstverlening uitgebreid met een bodedienst Ugchelen - Apeldoorn.

In 1951 werd de eerste vrachtwagen aangeschaft, een veertiger Chevrolet. In 1955 werd van de Firma van Buren de bodedienst Apeldoorn, Huissen, Elden, Elst, Bemmel, Oosterhout, Lent en Nijmegen overgenomen. Naast de bodediensten was het houttransport nog steeds een goede bron van inkomsten. Hiervoor werd in 1956 een vrachtwagen aangeschaft waarmee ritten naar de staatsmijnen in Limburg werden uitgevoerd.

In het midden van de jaren zeventig werden in Nederland de meeste bodediensten gebundeld in verschillende Coöperatieve Verenigingen, ook Beekman sloot zich aan bij een dergelijke vereniging. In deze periode nam Beekman het eigen vervoer van Van Houtum & Palm over wat een forse uitbreiding betekende. In 1979 trad de derde generatie Beekman, in de persoon van Martin toe tot het bedrijf.

Door een sterk acquisitie beleid maakte Beekman wederom een sterke groei door. In 1989 is Alfred Beekman toegetreden tot de Beekman organisatie. Beekman verhuisde van Ugchelen naar Apeldoorn en nam het pand aan de Zwaansprengweg in gebruik waar ook collega vervoerder Stormvogel gevestigd was. Na een jaar was sprake van een fusie en vervolgens een overname door Beekman.

Eveneens werd de firma Rodijk uit Vaassen overgenomen. In 1991 werd de BV Beekman Transport opgericht en nauwelijks een jaar later behaalde Beekman als één van de eerste bedrijven een ISO certificering. Na de oprichting van Beekman Transport BV beschikte het bedrijf over 15 vrachtwagens. In het begin van de jaren negentig richtte Beekman als één van de eerste vervoerders een landelijk distributie netwerk op. Flexibiliteit en kwaliteit in dienstverlening resulteerde wederom in een explosieve groei.

Midden jaren negentig startte Beekman met de opslag van goederen. Na een kleinschalige start groeide ook deze activiteit in korte tijd tot een opslag oppervlakte van 3000m2. Een jaar later werd een terrein van maar liefst 30.000m2 gehuurd met een opslag capaciteit van 13.000m2. De zogenaamde warehousing activiteit bleef groeien.

In 1997 werd besloten uit te kijken naar een nieuwe bedrijfsruimte. Beekman kocht aan de Oude Berghuizerweg 1,5 hectare grond waar een ultra modern bedrijfscomplex is gerealiseerd. op 1 september 2001 is het complex met een oppervlakte van 9.000 m2 in gebruik genomen. Tweederde van de bebouwde meters is bestemd voor warehousing en toegevoegde diensten. Daarnaast beschikt het pand over elf docks met een ruimte voor cross-docking om de goederenstromen in goede banen te leiden. Tevens is er voldoende kantoorruimte en is er een eigen werkplaats ingericht voor het onderhoud van het wagenpark.

2001 was eveneens het jaar dat de firma Beltman Transport uit Olst werd overgenomen. Het wagenpark groeide daarmee van 45 naar 73 trekkende eenheden.

In 2004 is de warehouse capaciteit uitgebreid met 3.500 m2 en in 2005 nogmaals met 5.000 m2

Totaal beschikt Beekman Transport nu over een opslagcapaciteit van 36.000 palletplaatsen en het wagenpark omvat ca. 70 trekkende eenheden.